Kemijski inštitut je vodilna raziskovalna ustanova na področju molekularne biokemije, strukturne ter računalniške kemije in biotehnologije.

Laboratorij za računalniške bioznanosti in bioinformatiko se ukvarja z molekulskimi simulacijami biološko in tehnološko zanimivih sistemov in procesov, raziskavami novih zdravilnih učinkovin ter bioinformatiko.
Razvijamo in uporabljamo kemometrijske in statistične metode za reševanje problemov v kemiji in sorodnih vedah, od vizualizacije mnogo-dimenzionalnih podatkov do analize biološko relevantnih informacij v proteomiki in genomiki.
Funkcionalna genomika in biokemija nitastih gliv in kvasovk. Raziskave molekularnih mehanizmov celičnega signaliziranja. Raziskave za razvoj naprednih bioloških zdravi.
Raziskave molekularnega mehanizma prepoznavanja in signalizacije naravnega imunskega odziva, vnetnih bolezni in raka, načrtovanje zdravilnih učinkovin ter sintezna biologija.
Rešujemo problem zvitja proteinov, raziskujemo strukturo in interakcije zdravilnih učinkovin z JMR in vibracijsko spektroskopijo ter razvijamo strukturne teoretične in spektroskopske metode.
NMR center omogoča meritve spektrov in raziskave v okviru raziskovalnih in razvojnih projektov v akademskih institucijah in v industriji.
Z razvojem in uporabo novih pristopov molekularnega modeliranja študiramo povezave med strukturo, dinamiko in funkcijo kompleksnih molekularnih sistemov.