Odseki

Študija molekularnega sidranja na osnovi grupiranja za (in silico) iskanje novih 6-fluorokinolonov kot potencialnih inhibitorjev proti Mycobacterium tuberculosis

Za izgradnjo treh proteinskih modelov DNA giraze Mycobacterium tuberculosis sta bili uporabljeni metodi klasičnega prileganja proteinskih sekvenc in homologno modeliranje na podlagi dostopnih kristalnih struktur topoll-DNA-6FQ, ki izvirajo iz različnih organizmov. Za definicijo vezavnega mesta 6-fluorokinolonov so bile uporabljene nedavno razrešene apoproteinske strukture DNA giraze iz M. Tuberculosis, skupaj s topoll-DNA-6FQ kompleksi. Kvaliteta izgrajenih modelov je bila najprej določena z validacijo s sidranjem kokristaliziranih ligandov v vezavno mesto, nadalje pa še s kvantitativno oceno njihovih razlikovalnih sposobnosti (razlikovanje med aktivnimi in neaktivnimi spojinami) na podlagi 145 6-fluorokinolonov z znanimi biološkimi aktivnostmi. Model z največjo ocenjeno sposobnostjo razlikovanja je bil izbran za nadaljnje molekularno sidranje mešanega kombinatornega niza 427 analogov 6-fluorokinolonov z “druglike” lastnostmi, za katere je bila biološka aktivnost napovedana na podlagi predhodno zgrajenih modelov z metodo protitočnih umetnih nevronskih mrež. Za oceno ustvarjenih vezavnih položajev je bil uporabljen nov tristopenjski Boolov algoritem za grupiranje [P/N (Pravilno/Napačno)]. Analiza frekvence pojavljanja fragmentov na položajih R1 in R7 pri 6-fluorokinolonih, ki so bili na tretji stopnji označeni kot P, je razkrila več novih privlačnih fragmentov in potrdila nekatere predhodne ugotovitve. Menimo, da bi lahko bila ta metodologija uspešno uporabljena za postavitev novih priporočil za optimizacijo 6-fluorokinolonov na podlagi razmerij med strukturo in aktivnostjo, kar ima lahko velik vpliv na trenuten razvoj antimikobakterijskih učinkovin.

Povezava do objavljenega znanstvenega članka: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23268/abstract

_{About Global Medical Discovery (http://globalmedicaldiscovery.com/)}

_{Global Medical Discovery [ISSN 1929-8536]  is a Canadian based company established in 2002. The senior management team has over 100 years of combined experience in top academic  institutions and pharmaceutical industry.}

_{We recognize the contributions of scientists, and clinicians who have made major advances in the understanding, diagnosis, treatment, cure or prevention of human disease.}

Novo dognanje o mehanizmu membranskega transporta uvrščeno med dosežke v Global Medical Discovery

Raziskovalna skupina v Laboratoriju za kemometrijo je pred kratkim objavila rezultate študije o strukturi transmembranskih domen membranskega transporterja bilitranslokaze v članku z naslovom Structural Analysis of a Peptide Fragment of Transmembrane Transporter Protein Bilitranslocas, PLoS one, 2012; 7(6): e38967.

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0038967

V tem članku sodelujoči raziskovalci poskušajo odgovoriti na vprašanje, ali bi lahko zdravilne učinkovine prešle celično membrano ob pomoči membranskega transporterja bilitranslokaze. Objavljeno delo je pritegnilo pozornost uredniškega odbora serije Global Medical Discovery, ki išče dela, ki bi lahko bila pomembna pri odkrivanju novih zdravil. Na njihovo povabilo smo pripravili kratek povzetek in informacijo o članku, kar so potem objavili v Global Medical Discovery [ISSN 1929-8536]:

http://globalmedicaldiscovery.com/key-scientific-articles/structural-analysis-of-a-peptide-fragment-of-transmembrane-transporter-protein-bilitranslocase/

Namen objave v Global Medical Discovery je opozoriti znanstveno srenjo na pomembne rezultate raziskav, za katere menijo, da so pomembni za proces odkrivanja zdravil, zato tak pozitiven odziv na objavo nudi raziskovalcem dodatno vzpodbudo za nadaljnje delo. Raziskave so začeli v sodelovanju s Sabino Passamonti, profesorico na Univerzi v Trstu, in jih nadaljujejo v okviru medregijskega stateškega projekta TRANS2CARE.

http://www.trans2care.eu/Sections.aspx?section=452

Dosedanji rezultati kažejo, da bi lahko bila bilitranslokaza pomemben membranski transporter tako antioksidantov kot tudi nekaterih nukleotidov in nukleozidov ter po vsej verjetnosti tudi nekaterih zdravilnih učinkovin.

International Innovation is the leading global dissemination resource for the wider scientific, technology and research communities,
dedicated to disseminating the latest science, research and technological innovations on a global level.

More information and a complimentary subscription offer to the publication can be found at: www.researchmedia.eu