Laboratorij za molekularno modeliranje
Z razvojem in uporabo inovativnih pristopov molekularnega modeliranja študiramo povezave med strukturo, dinamiko in funkcijo kompleksnih molekularnih sistemov.
STOCK
STOCK - spletni strežnik za pripravo grobozrnatega opisa molekul in pripadajočega interakcijskega potenciala. Dostopen je na naslovu stock.cmm.ki.si.
Pripadajoči članek smo objavili v reviji Journal of Computational Chemistry.
ENZO
ENZO, spletni strežnik za evaluacijo shem encimskih reakcij, dostopen na naslovu enzo.cmm.ki.si. Iz sheme samodejno izpelje pripadajoče diferencialne enačbe in prilega koeficiente enačb numeričnih rešitev k eksperimentalnim krivuljam.
Pripadajoči članek smo objavili v reviji PLoS ONE.
ProBiS
Strežnik ProBiS, ki napoveduje vezavna mesta na proteinih, je dostopen na naslovu probis.cmm.ki.si. Prisoten je tudi na seznamih orodij za analizo proteinskih struktur na straneh RCSB PDB in Computational Chemistry List.
Pripadajoča članka smo objavili v revijah Bioinformatics in Nucleic Acids Research.
VRANA
VRANA – vzporedni računalnik za akceleracijo numeričnih algoritmov
V laboratoriju sestavljamo in vzdržujemo gruče VRANA in delovne postaje s programsko opremo v podporo pri raziskavah z računalniškimi simulacijami in modeliranjem.