D01 Teoretični odsek

Laboratorij za molekularno modeliranje

Z razvojem in uporabo novih pristopov molekularnega modeliranja študiramo povezave med strukturo, dinamiko in funkcijo kompleksnih molekularnih sistemov.

 

Center za Molekularno Modeliranje (CMM)


STOCK

STOCK - spletni strežnik za pripravo grobozrnatega opisa molekul in pripadajočega interakcijskega potenciala. Dostopen je na naslovu stock.cmm.ki.si.

 

Pripadajoči članek smo objavili v reviji Journal of Computational Chemistry.

ENZO

ENZO, spletni strežnik za evaluacijo shem encimskih reakcij, dostopen na naslovu enzo.cmm.ki.si. Iz sheme samodejno izpelje pripadajoče diferencialne enačbe in prilega koeficiente enačb numeričnih rešitev k eksperimentalnim krivuljam.

 

Pripadajoči članek smo objavili v reviji PLoS ONE.

ProBiS

Strežnik ProBiS, ki napoveduje vezavna mesta na proteinih, je dostopen na naslovu probis.cmm.ki.si. Prisoten je tudi na seznamih orodij za analizo proteinskih struktur na straneh RCSB PDB in Computational Chemistry List.

 

Pripadajoča članka smo objavili v revijah Bioinformatics in Nucleic Acids Research.

VRANA

VRANA – vzporedni računalnik za akceleracijo numeričnih algoritmov

 

V odseku sestavljamo in vzdržujemo gruče VRANA in delovne postaje s programsko opremo v podporo pri raziskavah z računalniškimi simulacijami in modeliranjem.