Sodelovanje z industrijskimi partnerji
Novartis/Lek d.d.
Atomistične in grobozrnate simulacije molekulske dinamike bio-farmacevtskih sistemov.
Obravnavamo strukturne in dinamične lastnosti protiteles (IgG1) in njihovih fragmentov.
Razvoj metod za karakterizacijo interakcij ključnih za stabilnost, topnost in agregacijo pod vplivom
temperature, pH, koncentracije ionov, koncentracije proteinov ter prisotnosti različnih ekscipientov in malih molekul.
Lek d.d. - Sandoz, Ljubljana, Slovenija
Identificirali smo vezavo ligandov na proteinske tarče, določili interakcije ligand-protein in način vezave novih biološko aktivnih ligandov, ki so jih razvili v družbi Lek. Zaradi narave novih ligandov je bila odločilna uporaba metod NMR spektroskopije, ki temeljijo na opazovanju signalov proteina in simulacije molekularne dinamike v vodnem okolju.
Način vezave novega 2-oksoindoliniliden derivata (v rjavi barvi) na encim MurD (M. Simčič, K. Lotrič, K. Kristan, U. Urleb, D. Kocjan, S. Golič Grdadolnik, Eur. J. Med. Chem. 83, 2014, 92).
Z uporabo metod molekularnega modeliranja in NMR spektroskopije študiramo stereoselektivne transformacije zdravilnih učinkovin v njihove nečistoče zaradi vplivov okolja in interakcij z farmacevtskimi ekscipienti.
Krka d.d., Novo Mesto, Slovenija
S kombinacijo vibracijske spektroskopije in modernih kemometričnih metod sodelujemo pri razvoju novih analitičnih orodij. Raziskave so osredotočene na določevanje nečistoč in analizo zdravil ter pomožnih komponent.
Alstom-Power Company, Francija
Izvedli smo teoretične študije degradacije in sproščanja NOx plinov v talinah nitratnih soli, ki se uporabljajo kot medij za prenos toplote pri sončnih elektrarnah. Podali smo matematični opis prepoznanih ključnih mehanizmov za nastanek NOx plinov, ki so temeljili na analizi ab-initio simulacij molekulske dinamike. Glavni rezultat naših raziskav je bila fizikalno-kemijska karakterizacija solnih talin v stiku z zrakom in ocena težnje za izhlapevanje soli pod vplivom kisika pri različnih parcialnih tlakih kisika in temperaturah.
Atomistični model površinskega elementa solne taline v stiku s kisikom.