Novica

Razpis za opravljanje diplomske naloge ali obvezne študijske prakse s področja strukturnih in funkcijskih raziskav celičnega signaliziranja v mikobakterijah

Mentorica: dr. Marjetka Podobnik

Tematika: Ciklični nukleotid cAMP je pomembna sekundarna obveščevalna molekula, ki sodeluje pri prenosu signalov v vseh organizmih. Celice mikobakterij proizvajajo visoke koncentracije cAMP, in možno je, da cAMP ne vpliva le na delovanje signalnih poti v sami bakteriji, ampak je tudi soudeležen pri modulaciji gostiteljevega imunskega odgovora. Mycobacterium tuberculosis je eden najhujših človeških patogenov. Živi znotraj gostiteljevih makrofagov in znano je, da povišan nivo cAMP v makrofagih pozitivno vpliva na razvoj teh mikobakterij. Natančna regulacija koncentracije cAMP v mikobakterijah in v njihovi okolici je zato zelo pomembna, verjetno ne samo za preživetje same bakterije, ampak tudi za njeno sposobnost infekcije gostitelja. Signalne kaskade, v katerih sodeluje cAMP se sprožijo z aktivacijo adenilil ciklaz, ki sintetizirajo cAMP. Signal se potem prenaša preko različnih več domenskih cAMP-vezavnih proteinov. cAMP se veže na eno od domen takega proteina in pri tem povzroči konformacijske spremembe v sosednjih domenah, ki se zaradi tega tudi aktivirajo in potem delujejo npr. kot kinaze, acetilaze, ionski kanalčki ali transkripcijski faktorji. Delovanje cAMP ugasne s hidrolizo te molekule do neaktivne oblike 5'-AMP, ki jo katalizirajo cAMP-fosfodiesteraze. Z raziskavami v naši skupini želimo razložiti mehanizem regulacije nivoja cAMP v
mikobakterijah z razgradnjo cAMP s fosfodiesterazami, ter alosteričen mehanizem delovanja različnih cAMP-vezavnih proteinov.

Metode dela in tehnike: molekularna biologija, proteinska biokemija, strukturna biologija, bioinformatika.

Od kandidatk/kandidatov pričakujemo ustrezno izobrazbo naravoslovne smeri, motiviranost za odkrivanje neznanega in veliko dobre volje.

Vsi, ki vas to delo zanima, vljudno vabljeni na razgovor z dr. Marjetko Podobnik.

Ljubljana, 21.1.2010