D01 Teoretični odsek

Teoretični odsek

Naš cilj je pojasnjevati različne kemijske, fizikalne in biološke procese na podlagi teoretičnih pristopov, ki v glavnem temeljijo na uporabi računskih metod na visoko zmogljivih računalniških gručah kot tudi na teoretičnih metodah v tesni zvezi z IR in NMR spektroskopijo. Rešujemo probleme v molekularni farmakologiji, kemijski informatiki, molekularni biofiziki, mehki snovi, pri načrtovanju zdravil in optimizaciji materialov...

Reprezentativne publikacije

  1. PREGELJC, Domen, JUG, Urška, MAVRI, Janez, STARE, Jernej. Why does the Y326I mutant of monoamine oxidase B decompose an endogenous amphetamine at a slower rate than the wild type enzyme? Reaction step elucidated by multiscale molecular simulations. Physical chemistry chemical physics, 2018.
  2. DRGAN, Viktor, ŽUPERL, Špela, VRAČKO, Marjan, CAPPELLI, Claudia Ileana, NOVIČ, Marjana. CPANNatNIC software for counter-propagation neural network to assist in read-across. Journal of cheminformatics, 2017.
  3. GRDADOLNIK, Jože, MERZEL, Franci, AVBELJ, Franc. Origin of hydrophobicity and enhanced water hydrogen bond strength near purely hydrophobic solutes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017, 114, 2.
  4. DELLE SITE, Luigi, PRAPROTNIK, Matej. Molecular systems with open boundaries : theory and simulation. Physics reports, 2017, 693.
  5. CRUZ-CHÚ, Eduardo R., PAPADOPOULOU, Ermioni, WALTHER, Jens H., POPADIĆ, Aleksandar, LI, Gengyun, PRAPROTNIK, Matej, KOUMOUTSAKOS, Petros. On phonons and water flow enhancement in carbon nanotubes. Nature nanotechnology, 2017, 12, 12.