Teoretični odsek
Raziskovalna dejavnost Teoretičnega odseka je usmerjena v razumevanje kompleksnih kemijskih, fizikalnih in bioloških procesov skozi prizmo naprednih teoretičnih in računskih pristopov. Štirje laboratoriji združujejo računsko kemijo in umetno inteligenco z eksperimentalni tehnikami za reševanje sodobnih izzivov na področju ved o življenju ter znanosti o materialih.
Razvijamo in uporabljamo širok nabor računskih metod, ki segajo od kvantnokemijskih pristopov in simulacije molekulske dinamike do večskalnega modeliranja, virtualnega rešetanja, Bayesove kvantifikacije negotovosti ter sodobnih orodij strojnega učenja in umetne inteligence. Ti napredni pristopi omogočajo natančno preučevanje dinamike in funkcije kompleksnih (bio)molekularnih sistemov, načrtovanje in optimizacijo biološko aktivnih molekul, potencialnih zdravilnih učinkovin ter načrtovanje naprednih materialov.
Sodelavke in sodelavci
Vodja odseka
Raziskovalke in raziskovalci
- dr. Jure Borišek
- dr. Viktor Drgan
- dr. Natalja Fjodorova
- prof. dr. Simona Golič Grdadolnik
- dr. Tjaša Goričan
- prof. dr. Jože Grdadolnik
- Prof. dr. Janez Konc
- dr. Martin Ljubič
- prof. dr. Janez Mavri
- prof. dr. Franci Merzel
- dr. Nikola Minovski
- dr. Urban Novak
- Dr. Gabriel Oanca
- izr. prof. dr. Andrej Perdih
- dr. Tilen Potisk
- dr. Jaka Sočan
- izr. prof. dr. Jernej Stare
- izr. prof. dr. Daniel Svenšek
- dr. Katja Venko
- dr. Maša Zorman
- dr. Barbara Zupančič
Zaslužne raziskovalke in raziskovalci
Strokovno osebje
Reprezentativne publikacije
- Kałka Andrzej J., Novotný Aleš, Stare Jernej. Rescaling of point charges as a way to improve the simple-to-use electrostatic embedding scheme developed to explore enzyme activity with QM-oriented software.Journal of chemical information and modeling. 2025, 65, 8653–8663. Full text
- Stevanović Kristina, Herlah Barbara, Pavlin Matic, Perdih Andrej. Asymmetric T-segment binding and gate dynamics govern the final stages of the type IIA topoisomerase catalytic cycle.International journal of biological macromolecules. 2025, 327, 1–17. Full text
- Kolarič Anja, Germe Thomas, Hrast Rambaher Martina, Stevenson Clare E. M., Lawson David M., Burton Nicolas P., Vörös Judit, Maxwell Anthony, Minovski Nikola, Anderluh Marko. Potent DNA gyrase inhibitors bind asymmetrically to their target using symmetrical bifurcated halogen bonds.Nature communications. 2021, 12150, 1–13. Full text
- Borišek Jure, Aupič Jana, Magistrato Alessandra. Third metal ion dictates the catalytic activity of the two-metal-ion pre-ribosomal RNA-processing machinery.Angewandte Chemie: International Edition. 2024, 63, 1–8. Full text
- Prašnikar Eva, Ljubič Martin, Perdih Andrej, Borišek Jure. Machine learning heralding a new development phase in molecular dynamics simulations.Artificial intelligence review. 2024, 57, 1–36. Full text
- Ogris Iza, Zupančič Barbara, Sosič Izidor, Merzel Franci, Golič Grdadolnik Simona. Mechanistic insight into the dynamics of Mur ligase through a comprehensive timescale-specific approach.Communications chemistry. 2025, 8, 285. Full text
- Hubman Anže, Merzel Franci. Determination of thermal conductivities in liquids by identifying heat transport in nonequilibrium MD simulations.Journal of molecular liquids. 2023, 370, 1–7. Full text
- Čoko Urban, Potisk Tilen, Praprotnik Matej. Virtual ultrasound machine operating in a GHz to MHz frequency range for particle-based biomedical simulations.Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2026, 123, e2610567123. Full text
- Jug Matevž, Svenšek Daniel, Potisk Tilen, Praprotnik Matej. Learning macroscopic equations of motion from dissipative particle dynamics simulations of fluids.Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering. 2024, 432, 117379. Full text
- Coste Amaury, Slejko Ema, Zavadlav Julija, Praprotnik Matej. Developing and implicit solvation machine learning model for molecular simulations of ionic media.Journal of Chemical Theory and Computation. 2024, 20, 411–420. Full text