Laboratorij za molekularno modeliranje
Ukvarjamo se z vrsto raziskovalnih tem na področju ved o življenju in materialov uporabljajoč pristope molekularnega modeliranja. Naši raziskovalni interesi, ki so na stičišču računske fizike, kemije in uporabne matematike, zajemajo: večskalno modeliranje in simulacijo mehke in biološke snovi, razvoj simulacijskih algoritmov za molekularne sisteme z odprtimi mejami, študij strukture in funkcije proteinov ter proteinskih interakcij.
Sodelavke in sodelavci
Vodja laboratorija
Raziskovalke in raziskovalci
Strokovno osebje
Doktorandke in doktorandi
Reprezentativne publikacije
- COSTE, Amaury, SLEJKO, Ema, ZAVADLAV, Julija, PRAPROTNIK, Matej. Developing an Implicit Solvation Machine Learning Model for Molecular Simulations of Ionic Media. J. Chem. Theory Comput., 2024, 20, 411-420.
- PAPEŽ, Petra, MERZEL, Franci, PRAPROTNIK, Matej. Sub-THz acoustic excitation of protein motion. J. Chem. Phys., 2023, 159, 135101.
- PAPEŽ, Petra, MERZEL, Franci, PRAPROTNIK, Matej. Rotational Dynamics of a Protein under Shear Flow Studied by the Eckart Frame Formalism. J. Phys. Chem. B, 2023, 127, 7231-7243.
- POTISK, Tilen, SABLIĆ, Jurij, SVENŠEK, Daniel, SANZ-DE DIEGO, Elena, TERAN, Francisco J., PRAPROTNIK, Matej. Analyte-Driven Clustering of Bio-Conjugated Magnetic Nanoparticles. Adv. Theory Simul., 2023, 6, 2200796.
- DELLE SITE, Luigi, PRAPROTNIK, Matej. Molecular systems with open boundaries: Theory and simulation. Phys. Rep., 2017, 693, 1-56.