Laboratorij za molekularno modeliranje
Ukvarjamo se z vrsto raziskovalnih tem na področju ved o življenju in materialov uporabljajoč pristope molekularnega modeliranja. Naši raziskovalni interesi, ki so na stičišču računske fizike, kemije in uporabne matematike, zajemajo: večskalno modeliranje in simulacijo mehke in biološke snovi, razvoj simulacijskih algoritmov za molekularne sisteme z odprtimi mejami, študij strukture in funkcije proteinov ter proteinskih interakcij.
Sodelavke in sodelavci
Vodja laboratorija
Raziskovalke in raziskovalci
Strokovno osebje
Doktorandke in doktorandi
Reprezentativne publikacije
- DELLE SITE, Luigi, PRAPROTNIK, Matej. Molecular systems with open boundaries: Theory and simulation. Physics Reports, 2017, 693, 1-56.
- ZAVADLAV, Julija, SABLIĆ, Jurij, PODGORNIK, Rudolf, PRAPROTNIK, Matej. Open-Boundary Molecular Dynamics of a DNA molecule in a hybrid explicit/implicit salt solution. Biophys. J., 2018, 114, 2352.
- ZAVADLAV, Julija, MARRINK, Siewert J., PRAPROTNIK, Matej. Multiscale simulation of protein hydratiom using SWINGER dynamical clustering algorithm. J. Chem. Theory Comput., 2018, 14, 1754.
- SABLIĆ, Jurij, DELGADO-BUSCALIONI, Rafael, PRAPROTNIK, Matej. Application of the Eckart frame to soft matter: rotation of star polymers under shear flow. Soft Matter, 2017, 13, 6988.
- POPADIĆ, Aleksandar, SVENŠEK, Daniel, PODGORNIK, Rudolf, PRAPROTNIK, Matej. Density-nematic coupling in isotropic linear polymers: acoustic and osmotix birefringence. Adv. Theory Simul., 2019, 2, 1900019.