D01 Teoretični odsek

Laboratorij za molekularno modeliranje

Ukvarjamo se z vrsto raziskovalnih tem na področju ved o življenju in materialov uporabljajoč pristope molekularnega modeliranja. Naši raziskovalni interesi, ki so na stičišču računske fizike, kemije in uporabne matematike, zajemajo: večskalno modeliranje in simulacijo mehke in biološke snovi, razvoj simulacijskih algoritmov za molekularne sisteme z odprtimi mejami, študij strukture in funkcije proteinov ter proteinskih interakcij.

Reprezentativne publikacije

  1. DELLE SITE, Luigi, PRAPROTNIK, Matej. Molecular systems with open boundaries: Theory and simulation. Physics Reports, 2017, 693, 1-56.
  2. ZAVADLAV, Julija, PODGORNIK, Rudolf, PRAPROTNIK, Matej. Order and interactions in DNA arrays: Multiscale molecular dynamics simulation. Scientific Reports, 2017, 7, 4775.
  3. ZAVADLAV, Julija, MARRINK Siewert J., PRAPROTNIK Matej. Adaptive resolution simulation of supramolecular water: The concurrent making, breaking, and remaking of water bundles. Journal of Chemical Theory and Computation, 2016, 12, 4138-4145.
  4. POPADIĆ, Aleksandar, WALTHER, Jens H., KOUMOUTSAKOS, Petros, PRAPROTNIK, Matej. Continuum simulations of water flow in carbon nanotube membranes. New Journal of Physics, 2014, 16, 082001.
  5. KONC, Janez, JANEŽIČ, Dušanka. ProBiS-ligands: a web server for prediction of ligands by examination of protein binding sites. Nucleic Acids Research, 2014, 42, W215-W220.