Skip to main content

Odseki

Laboratorij za molekularno modeliranje

Ukvarjamo se z vrsto raziskovalnih tem na področju ved o življenju in materialov uporabljajoč pristope molekularnega modeliranja. Naši raziskovalni interesi, ki so na stičišču računske fizike, kemije in uporabne matematike, zajemajo: večskalno modeliranje in simulacijo mehke in biološke snovi, razvoj simulacijskih algoritmov za molekularne sisteme z odprtimi mejami, študij strukture in funkcije proteinov ter proteinskih interakcij.

Sodelavke in sodelavci

Vodja laboratorija
Strokovno osebje

Reprezentativne publikacije

  1. DELLE SITE, Luigi, PRAPROTNIK, Matej. Molecular systems with open boundaries: Theory and simulation. Physics Reports, 2017, 693, 1-56.
  2. ZAVADLAV, Julija, SABLIĆ, Jurij, PODGORNIK, Rudolf, PRAPROTNIK, Matej. Open-Boundary Molecular Dynamics of a DNA molecule in a hybrid explicit/implicit salt solution. Biophys. J., 2018, 114, 2352.
  3. ZAVADLAV, Julija, MARRINK, Siewert J., PRAPROTNIK, Matej. Multiscale simulation of protein hydratiom using SWINGER dynamical clustering algorithmJ. Chem. Theory Comput., 2018, 14, 1754.
  4. SABLIĆ, Jurij, DELGADO-BUSCALIONI, Rafael, PRAPROTNIK, Matej. Application of the Eckart frame to soft matter: rotation of star polymers under shear flow. Soft Matter, 2017, 13, 6988.
  5. POPADIĆ, Aleksandar, SVENŠEK, Daniel, PODGORNIK, Rudolf, PRAPROTNIK, Matej. Density-nematic coupling in isotropic linear polymers: acoustic and osmotix birefringence. Adv. Theory Simul., 2019, 2, 1900019.
Za slepe in slabovidne(CTRL+F2)
barva kontrasta
velikost besedila
označitev vsebine
povečava