D01 Teoretični odsek

Teoretični odsek D01 združuje štiri laboratorije

  • Laboratorij za računsko biokemijo in načrtovanje učinkovin

    Naše delo je usmerjeno v (a) molekularno farmakologijo centralnega živčnega sistema s poudarkom na metabolizmu monoaminov in (b) načrtovanje novih protibakterijskih in protirakavih učinkovin. Uporabljamo širok nabor simulacijskih orodij, ki vključujejo večnivojsko modeliranje in sodobna orodja za načrtovanje zdravilnih učinkovin.

  • Laboratorij za kemijsko informatiko

    Razvoj metodologij in programskih paketov (in silico orodij) za mehanistično in empirično modeliranje. Uporaba in silico orodij na področju (i) razvoja zdravilnih učinkovin, (ii) ocenjevanja toksičnosti in (iii) optimizacije materialov. Prenos znanja v akademsko sfero (učni predmeti, doktorski študenti) in industrijo.

  • Laboratorij za strukturo biomolekul

    Raziskujemo povezave med osnovnimi fizikalnimi silami in biomolekularnimi procesi, kot so zvitje proteinov, hidrofobni efekt, tvorba kompleksov, vezava ligandov, reakcijska kinetika, itd. Razvijamo in uporabljamo širok nabor računskih, eksperimentalnih in teoretičnih metod. Pri tem uporabljamo visoko zmogljive računalniške gruče, vibracijsko in NMR spektroskopijo ter nevtronsko sipanje.

  • Laboratorij za molekularno modeliranje

    Ukvarjamo se z vrsto raziskovalnih tem na področju ved o življenju in materialov uporabljajoč pristope molekularnega modeliranja. Naši raziskovalni interesi, ki so na stičišču računske fizike, kemije in uporabne matematike, zajemajo: večskalno modeliranje in simulacijo mehke in biološke snovi, razvoj simulacijskih algoritmov za molekularne sisteme z odprtimi mejami, študij strukture in funkcije proteinov ter proteinskih interakcij.