Utrinki z delavnice SPA2025 (napredna delavnica za krio-EM) v okviru Instruct.SI
Z veseljem poročamo o uspešno zaključeni napredni delavnici Instruct.SI krioEM 2025 s področja analize posameznega delca (ang. Single Particle Analysis). Delavnica je potekala od 11. do 14. novembra 2025 na Kemijskem inštitutu v Ljubljani. Praktično usmerjena delavnica je združila majhno, a zelo angažirano skupino šestih udeležencev, in ustvarila intenzivno učno okolje, ki je bilo osredotočeno na pridobivanje praktičnih veščin skozi celoten potek krioEM analize. Udeleženci in udeleženke so predstavili svoje raziskovalne projekte v obliki kratkih predstavitev, kar je spodbudilo plodno izmenjavo idej med raziskovalci in raziskovalkami z različnih področij.
Ena ključnih značilnosti letošnje delavnice je bila možnost, da udeleženci in udeleženke prinesejo lastne raziskovalne vzorce. Štirje so to priložnost izkoristili, vsi pa so med praktičnim delom delavnice pripravili več mrežic EM. Pod mentorstvom tutorjev so uspešno zamrznili svoje vzorce, pridobili izkušnje pri delu z napravo Vitrobot IV ter razvili dobro razumevanje najboljših praks pri pripravi mrežic EM. Delo v majhnih skupinah je omogočilo individualno usmerjeno vodenje in zagotovilo, da je vsak udeleženec pripravil uporabne mrežice EM ter se učil iz konkretnih eksperimentalnih podatkov. Poleg priprave vzorcev je bila na delavnici poudarjena tudi uporaba mikroskopa, strategije presejalnih meritev ter zajem podatkov. Udeleženci so delali z 200 kV krioelektronskim mikroskopom Glacios, kjer so se po korakih učili celotnega postopka, od vstavljanja mrežic EM do nastavitve avtomatskega zajema podatkov.
Zaključni del programa je bil namenjen obdelavi podatkov in 3D rekonstrukciji, kar je udeležencem ponudilo celovit pregled metode analize posameznega delca – od odpravljanja gibanja in ocene prenosne funkcije kontrasta (CTF), iskanja delcev, do razvrščanja v 2D razrede ter začetnega piljenja 3D. Vodeno poučevanje pod mentorstvom petih tutorjev je omogočilo, da je vsak udeleženec sledil postopku na naboru različnih eksperimentalnih podatkov ter razumel, kako posamezni koraki vplivajo na končni rezultat.
Delavnica je ponudila zelo strnjeno in praktično naravnano izkušnjo, ki je udeležencem omogočila ne le opazovanje, temveč tudi aktivno izvedbo vsake faze delovnega poteka. Po zaključku delavnice smo od udeležencev in udeleženk prejeli pozitivne povratne informacije, saj so izpostavili vrednost na veščine osredotočenih manjših delavnic v okviru skupnosti Instruct.SI. Na podlagi tega uspeha si prizadevamo tudi v prihodnje ponujati napredna, praktično usmerjena izobraževanja, ki bodo podpirala raziskovalce v Sloveniji pri nadaljnjem razvoju strokovnega znanja na področju krioelektronske mikroskopije.
Več informacij tu: Instruct.SI CryoEM Advanced Workshop 2025, Single Particle Analysis - Instruct.SI