Raznolika vloga lipidov v strukturi proteinske nanopore
Pomemben del proteoma sesalcev predstavljejo membranski proteini, ki so pogosto tarče zdravil. Struktura in funkcija membranskih proteinov sta odvisni od njihovih interakcij z lipidi, ki sestavljajo membrane v katerih se nahajajo. Aktinoporini so α-poro-tvorni proteini, ki se specifično vežejo na membrane, ki vsebujejo sfingomielin, kjer oligomerizirajo in tvorijo transmembranske pore.
V članku predstavljamo obsežno krioelektronsko mikroskopsko analizo por, ki jih tvori homolog aktinoporina Fav iz korale Orbicella faveolata. Pokažemo, da oktamerne pore interagirajo s 112 lipidi v zgornjem sloju membrane in razkrijemo več vlog lipidov v strukturi por. Pokažemo tudi, da je površina Fav primerna za sočasno vezavo več molekul sfingomielina. Kadar je holesterol prisoten v membrani, tvori skupek štirih molekul ob vsaki podenoti pore. Strukturne podatke smo dopolnili z atomističnimi simulacijami molekulske dinamike, ki razkrivajo dodatne učinke por na lipidno membrano.
Naše ugotovitve razkrivajo zapleteno mrežo interakcij med proteini in lipidi ter med samimi lipidi ter poudarjajo pogosto podcenjeno vlogo lipidov v strukturi in funkciji transmembranskih proteinskih kompleksov.
Več: https://www.nature.com/articles/s41467-025-58334-z
Kontakt: gasper.solinc(at)ki.si