Odseki

RAZISKOVALNE SMERI:

1. Uporaba metod računalniško podprtega načrtovanja biološko aktivnih molekul, virtualnim rešetanjem knjižnic molekul ter identifikacijo novih molekul z delovanjem na različnih potencialnih terapevtskih tarčah

2. Uporaba simulacij molekulske dinamike za boljše razumevanje delovanja bioloških makromolekul in vpogled v medmolekulsko prepoznavanje interakcij med ligandi in makromolekulami

3. Modeliranje mehanizmov organskih in encimskih reakcij z uporabo QM in hibridnih QM/MM metod

2004-2009 Doktorski študij Biomedicine

                    Univerza v Ljubljani

1999-2004  Univerzitetni študij Farmacije

                    Univerza v Ljubljani

2017-              Višji znanstveni sodelavec

                        Kemijski inštitut, Ljubljana

2013 -2017     Gostujoči raziskovalec

                        University of Michigan, ZDA 

2012 - 2017    Znanstveni sodelavec

                        Kemijski inštitut, Ljubljana

2012 -2013     Gostujoči raziskovalec

                        Freie Universität Berlin, Nemčija

2009 - 2012    Podoktorski raziskovalec

                        Kemijski inštitut, Ljubljana

2008                Gostujoči raziskovalec

                        Inte:Ligand Dunaj, Avstrija

2004- 2009     Mladi raziskovalec

2021-              Izredni profesor (farm. kemija)

                        Fakulteta za farmacijo, UL

2012 -             Zunanji sodelavec

                        FAMNIT, Univerza na Primorskem

2011 - 2021    Docent (farm. kemija)

                        Fakulteta za farmacijo, UL

2006 - 2011    Asistent (farm. kemija)

                         Fakulteta za farmacijo, UL           

2019       Publons nagrada:Top peer reviewer           

2009       Krkina nagrada za doktorsko disertacijo

2004       Krkina nagrada za diplomsko delo

2004       Priznanje Fakultete za farmacijo 

1.  VIRTUALNO REŠETANJE IN NAČRTOVANJE UČINKOVIN

Protirakave učinkovine

1. BERGANT Kaja, JANEŽIČ Matej, ŠTAMPAR Martina, ŽEGURA Bojana, GOBEC Stanislav, FILIPIČ Metka, PERDIH Andrej. Substituted 4,5'-Bithiazoles as Catalytic Inhibitors of Human DNA Topoisomerase IIα, Journal of chemical information and modeling, 2020, vol 60, str. 3662–3678. Full text

2. JANEŽIČ, Matej, VALJAVEC, Katja, BERGANT LOBODA, Kaja, HERLAH, Barbara, OGRIS, Iza, KOZOROG, Mirijam, PODOBNIK, Marjetka, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, WOLBER, Gerhard, PERDIH, Andrej. Dynophore-based approach in virtual screening: a case of human DNA topoisomerase IIα. International journal of molecular sciences. 2021, vol. 22, iss. 24, 13474. Full text

3. KUMP, Karson J., MIAO, Lei, MADY, Ahmed S.A., ANSARI, Nurul H., SHRESTHA, Uttar K., YANG, Yuting, PAL, Mohan, LIAO, Chenzhong, PERDIH, Andrej, ABULWERDI, Fardokht A., CHINNASWAMY, Krishnapriya, MEAGHER, Jennifer L., CARLSON, Jacob M., KHANNA, May, STUCKEY, Jeanne A., NIKOLOVSKA-COLESKA, Zaneta. Discovery and characterization of 2,5-substituted benzoic acid dual inhibitors of the anti-apoptotic Mcl-1 and Bfl-1 proteins. Journal of medicinal chemistry. 2020, 63, 2489-2510. Full text

Protibakterijske učinkovine

1. PERDIH, Andrej, HRAST, Martina, BARRETEAU, Hélène, GOBEC, Stanislav, WOLBER, Gerhard, ŠOLMAJER, Tomaž. Inhibitor design strategy based on an enzyme structural flexibility : a case of bacterial MurD ligase. J. Chem. Inf. Model, 2014, 54, 1451-1466. Full text

2. BRVAR, Matjaž, PERDIH, Andrej, RENKO, Miha, ANDERLUH, Gregor, TURK Dušan, ŠOLMAJER, Tomaž. Structure-based discovery of substituted 4,5’-bithiazoles as novel DNA gyrase inhibitors.  J. Med. Chem.  2012, 55, 6413−6426. Full text

2. ŠTUDIJE BIOLOŠKIH SISTEMOV Z UPORABO MOLEKULSKIH SIMULACIJ

1. PRAŠNIKAR Eva, PERDIH Andrej, BORIŠEK, Jure. All-Atom Simulations Reveal a Key Interaction Network in the HLA-E/NKG2A/CD94 Immune Complex Fine-Tuned by the Nonameric Peptide. Journal of chemical information and modeling, 2021, vol 61, 3593–3603. Full text

2. PINTAR, Sara, BORIŠEK, Jure, USENIK, Aleksandra, PERDIH, Andrej, TURK, Dušan. Domain sliding of two Staphylococcus aureus N-acetylglucosaminidases enables their substrate-binding prior to its catalysis.Communications biology. 2020, vol. 3,178-1-178-9. Full text

3.  ŠTUDIJE REAKCIJSKIH MEHANIZMOV

Encimski reakcijski mehanizmi

1. BORIŠEK, Jure, PINTAR, Sara, OGRIZEK, Mitja, TURK, Dušan, PERDIH, Andrej, NOVIČ, Marjana. A water-assisted catalytic mechanism in glycoside hydrolases demonstrated on the Staphylococcus aureus autolysin E. ACS catalysis, 2018, 8, 4334-4345. Full text

2. PERDIH, Andrej, HODOŠČEK, Milan, ŠOLMAJER, Tomaž. MurD ligase from E. coli: Tetrahedral intermediate formation study by hybrid quantum mechanical/molecular mechanical replica path method. Proteins2009, 74, 744-759. Full text

Reakcijski mehanizmi organskih molekul

1. RIČKO, Sebastijan, SVETE, Jurij, ŠTEFANE, Bogdan, PERDIH, Andrej, GOLOBIČ, Amalija, MEDEN, Anže, GROŠELJ, Uroš. 1,3-diamine-derived bifunctional organocatalyst prepared from camphor.Advanced Synthesis & Catalysis, 2016, 358, 3786-3796 Full text

2. ŠTEFANE, Bogdan, PERDIH, Andrej, PEVEC, Andrej, ŠOLMAJER, Tomaž, KOČEVAR, Marijan. The participation of 2H-pyran-2-ones in [4+2] cycloadditions : an experimental and computational study. Eur. J. Org. Chem.2010, 30, 5870-5883. Full text

4. IZBRANI PREGLEDNI ČLANKI

1. PRAŠNIKAR Eva, BORIŠEK, Jure, PERDIH Andrej. Senescent cells as promising targets to tackle age-related diseases, Aging Research Reviews 2021, vol. 66, 101251. Full text

2. POGORELČNIK, Barbara, PERDIH, Andrej, ŠOLMAJER, Tomaž. Recent advances in the development of catalytic inhibitors of human DNA topoisomerase II[alpha] as novel anticancer agents. Curr. Med. Chem., 2013, 20, 694-709. Full text

1. Metode študija strukture in lastnosti zdravilnih učinkovin

Študijsko gradivo pri izbirnem teoretičnem predmetu interdisciplinarnega doktorskega študijskega programa Biomedicina

UČNO GRADIVO

2. Uporaba kvantne mehanike, molekulskih simulacij in QSAR modeliranja v farmacevtski kemiji

Študijsko gradivo pri obravnavi nekaterih vsebin pri temeljnem predmetu: Farmacevtske znanosti (Modul 1.1 in Modul 1.3)

Interdisciplinarni doktorski študijski program Biomedicina

UČNO GRADIVO

3. Strukture bioloških molekul

Učbenik za predmet: Strukture bioloških molekul

POVEZAVA DO UČBENIKA

Staro študijsko gradivo pri predmetu: Strukture bioloških molekul za študente 3. letnika, študijske smeri Bioinformatika

UČNO GRADIVO