
izr. prof. dr. Andrej Perdih
Kemijski Inštitut Hajdrihova 19 Tel.: +386-1-4760-376 |
RAZISKOVALNE SMERI:
1. Uporaba metod računalniško podprtega načrtovanja biološko aktivnih molekul, virtualnim rešetanjem knjižnic molekul ter identifikacijo novih molekul z delovanjem na različnih potencialnih terapevtskih tarčah
2. Uporaba simulacij molekulske dinamike za boljše razumevanje delovanja bioloških makromolekul in vpogled v medmolekulsko prepoznavanje interakcij med ligandi in makromolekulami
3. Modeliranje mehanizmov organskih in encimskih reakcij z uporabo QM in hibridnih QM/MM metod
IZOBRAZBA
2004-2009 Doktorski študij Biomedicine
Univerza v Ljubljani
1999-2004 Univerzitetni študij Farmacije
Univerza v Ljubljani
DELOVNE IZKUŠNJE
2017- Višji znanstveni sodelavec
Kemijski inštitut, Ljubljana
2013 -2017 Gostujoči raziskovalec
University of Michigan, ZDA
2012 - 2017 Znanstveni sodelavec
Kemijski inštitut, Ljubljana
2012 -2013 Gostujoči raziskovalec
Freie Universität Berlin, Nemčija
2009 - 2012 Podoktorski raziskovalec
Kemijski inštitut, Ljubljana
2008 Gostujoči raziskovalec
Inte:Ligand Dunaj, Avstrija
2004- 2009 Mladi raziskovalec
PEDAGOŠKO DELO
2021- Izredni profesor (farm. kemija)
Fakulteta za farmacijo, UL
2012 - Zunanji sodelavec
FAMNIT, Univerza na Primorskem
2011 - 2021 Docent (farm. kemija)
Fakulteta za farmacijo, UL
2006 - 2011 Asistent (farm. kemija)
Fakulteta za farmacijo, UL
NAGRADE IN PRIZNANJA
2019 Publons nagrada:Top peer reviewer
2009 Krkina nagrada za doktorsko disertacijo
2004 Krkina nagrada za diplomsko delo
2004 Priznanje Fakultete za farmacijo
IZBRANE PUBLIKACIJE
1. VIRTUALNO REŠETANJE IN NAČRTOVANJE UČINKOVIN
Protirakave učinkovine
1. BERGANT Kaja, JANEŽIČ Matej, ŠTAMPAR Martina, ŽEGURA Bojana, GOBEC Stanislav, FILIPIČ Metka, PERDIH Andrej. Substituted 4,5'-Bithiazoles as Catalytic Inhibitors of Human DNA Topoisomerase IIα, Journal of chemical information and modeling, 2020, vol 60, str. 3662–3678. Full text
2. JANEŽIČ, Matej, VALJAVEC, Katja, BERGANT LOBODA, Kaja, HERLAH, Barbara, OGRIS, Iza, KOZOROG, Mirijam, PODOBNIK, Marjetka, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, WOLBER, Gerhard, PERDIH, Andrej. Dynophore-based approach in virtual screening: a case of human DNA topoisomerase IIα. International journal of molecular sciences. 2021, vol. 22, iss. 24, 13474. Full text
3. KUMP, Karson J., MIAO, Lei, MADY, Ahmed S.A., ANSARI, Nurul H., SHRESTHA, Uttar K., YANG, Yuting, PAL, Mohan, LIAO, Chenzhong, PERDIH, Andrej, ABULWERDI, Fardokht A., CHINNASWAMY, Krishnapriya, MEAGHER, Jennifer L., CARLSON, Jacob M., KHANNA, May, STUCKEY, Jeanne A., NIKOLOVSKA-COLESKA, Zaneta. Discovery and characterization of 2,5-substituted benzoic acid dual inhibitors of the anti-apoptotic Mcl-1 and Bfl-1 proteins. Journal of medicinal chemistry. 2020, 63, 2489-2510. Full text
Protibakterijske učinkovine
1. PERDIH, Andrej, HRAST, Martina, BARRETEAU, Hélène, GOBEC, Stanislav, WOLBER, Gerhard, ŠOLMAJER, Tomaž. Inhibitor design strategy based on an enzyme structural flexibility : a case of bacterial MurD ligase. J. Chem. Inf. Model, 2014, 54, 1451-1466. Full text
2. BRVAR, Matjaž, PERDIH, Andrej, RENKO, Miha, ANDERLUH, Gregor, TURK Dušan, ŠOLMAJER, Tomaž. Structure-based discovery of substituted 4,5’-bithiazoles as novel DNA gyrase inhibitors. J. Med. Chem. 2012, 55, 6413−6426. Full text
2. ŠTUDIJE BIOLOŠKIH SISTEMOV Z UPORABO MOLEKULSKIH SIMULACIJ
1. PRAŠNIKAR Eva, PERDIH Andrej, BORIŠEK, Jure. All-Atom Simulations Reveal a Key Interaction Network in the HLA-E/NKG2A/CD94 Immune Complex Fine-Tuned by the Nonameric Peptide. Journal of chemical information and modeling, 2021, vol 61, 3593–3603. Full text
2. PINTAR, Sara, BORIŠEK, Jure, USENIK, Aleksandra, PERDIH, Andrej, TURK, Dušan. Domain sliding of two Staphylococcus aureus N-acetylglucosaminidases enables their substrate-binding prior to its catalysis.Communications biology. 2020, vol. 3,178-1-178-9. Full text
3. ŠTUDIJE REAKCIJSKIH MEHANIZMOV
Encimski reakcijski mehanizmi
1. BORIŠEK, Jure, PINTAR, Sara, OGRIZEK, Mitja, TURK, Dušan, PERDIH, Andrej, NOVIČ, Marjana. A water-assisted catalytic mechanism in glycoside hydrolases demonstrated on the Staphylococcus aureus autolysin E. ACS catalysis, 2018, 8, 4334-4345. Full text
2. PERDIH, Andrej, HODOŠČEK, Milan, ŠOLMAJER, Tomaž. MurD ligase from E. coli: Tetrahedral intermediate formation study by hybrid quantum mechanical/molecular mechanical replica path method. Proteins2009, 74, 744-759. Full text
Reakcijski mehanizmi organskih molekul
1. RIČKO, Sebastijan, SVETE, Jurij, ŠTEFANE, Bogdan, PERDIH, Andrej, GOLOBIČ, Amalija, MEDEN, Anže, GROŠELJ, Uroš. 1,3-diamine-derived bifunctional organocatalyst prepared from camphor.Advanced Synthesis & Catalysis, 2016, 358, 3786-3796 Full text
2. ŠTEFANE, Bogdan, PERDIH, Andrej, PEVEC, Andrej, ŠOLMAJER, Tomaž, KOČEVAR, Marijan. The participation of 2H-pyran-2-ones in [4+2] cycloadditions : an experimental and computational study. Eur. J. Org. Chem.2010, 30, 5870-5883. Full text
4. IZBRANI PREGLEDNI ČLANKI
1. PRAŠNIKAR Eva, BORIŠEK, Jure, PERDIH Andrej. Senescent cells as promising targets to tackle age-related diseases, Aging Research Reviews 2021, vol. 66, 101251. Full text
2. POGORELČNIK, Barbara, PERDIH, Andrej, ŠOLMAJER, Tomaž. Recent advances in the development of catalytic inhibitors of human DNA topoisomerase II[alpha] as novel anticancer agents. Curr. Med. Chem., 2013, 20, 694-709. Full text
UČNA GRADIVA
1. Metode študija strukture in lastnosti zdravilnih učinkovin
Študijsko gradivo pri izbirnem teoretičnem predmetu interdisciplinarnega doktorskega študijskega programa Biomedicina
2. Uporaba kvantne mehanike, molekulskih simulacij in QSAR modeliranja v farmacevtski kemiji
Študijsko gradivo pri obravnavi nekaterih vsebin pri temeljnem predmetu: Farmacevtske znanosti (Modul 1.1 in Modul 1.3)
Interdisciplinarni doktorski študijski program Biomedicina
3. Strukture bioloških molekul
Učbenik za predmet: Strukture bioloških molekul
Staro študijsko gradivo pri predmetu: Strukture bioloških molekul za študente 3. letnika, študijske smeri Bioinformatika