Odseki

Vrednotenje prehodnih stanj proteinov, evidenčna številka J1-4400

Nosilec: prof. dr. Simona Golič Grdadolnik

       1. VSEBINSKI OPIS PROJEKTA:

Kljub nedavnemu napredku biofizikalnih in računskih pristopov za preiskavo biomolekularnih sistemov je karakterizacija dinamičnega ravnovesja proteinskih stanj še vedno zahteven izziv. Problem je izmuzljiva narava dinamičnih procesov, ki uravnavajo to ravnovesje. Predvsem je težko na atomski ravni določiti nizko zasedena, prehodna stanja, ker so »nevidna« za biofizikalne metode, ki zaznavajo proteinska stanja z najnižjo energijo ali največjo zasedenostjo. Vse več je dokazov o pomenu prehodnih, nizko zasedenih, termično dostopnih proteinskih stanj za biološko delovanje proteinov.

Glavni cilj predlaganega projekta je razvoj kombiniranega eksperimentalno teoretičnega pristopa za fizikalno-kemijsko karakterizacijo prehodnih proteinskih stanj blizu fiziološkim razmeram v vodnih okoljih na atomski ravni. Karakterizacija bo omogočila, njihovo povezavo z določenim dinamičnim dogodkom, ki je pomemben za njihovo funkcijo. Za premagovanje težav povprečevanja in asignacije  signalov bomo uporabili kombinacijo NMR in vibracijske spektroskopije, ki delujeta na različnih časovnih skalah. Ti spektroskopiji lahko skupaj zagotovita dostop do prehodnih molekularnih stanj, ki so  v dinamični izmenjavi na časovni lestvici od pikosekund do milisekund. Za  razumevanje korelacije med posameznimi vrstami gibanja in njihovim učinkom na dinamično ravnovesje stanj, bomo uporabili atomistične simulacije molekularne dinamike. Razvili bomo algoritme za numerično analizo korelacije med eksperimentalnimi in računskimi rezultati, da bi razumeli vpliv posameznih prispevkov sklopljenih gibanj na porazdelitev proteinskih stanj. Proučevali bomo proteine iz različnih družin, ki zajemajo širok spekter dinamičnih dogodkov, ki lahko povzročijo prehode med termično dostopnimi stanji proteinov. Funkcionalne vloge izbranih proteinov v bioloških procesih ni mogoče celovito razumeti, ne da bi preučili dinamično ravnovesje med njihovimi možnimi stanji brez in/ali z njihovimi vezavnimi partnerji. Pričakovani rezultati lahko zagotovijo trenutno nepredvidljiv vpogled v delovanje teh proteinov v zdravem in bolezenskem stanju.

Razviti pristop bo široko uporaben za opredelitev prehodnih proteinskih stanj na atomski ravni v vodnih okoljih. Rezultati predlaganih študij lahko znatno prispevajo k razumevanju delovanja proteinov  v zdravem in bolezenskem stanju ter bodo zelo zanimivi za veliko specifičnih raziskovalnih področij, kot so molekularno prepoznavanje, molekularna signalizacija, encimska kataliza, reakcije zvitja in vezave  proteinov ter tarčno načrtovanje in odkrivanje zdravilnih učinkovin.

Sodelujoče organizacije: 

• Univerza v Ljubljani, Fakulteta za farmacijo

                  - osnovni podatki glede financiranja:

Projekt financira ARRS v okviru cenovne kategorije B za obdobje treh let v obsegu 2481 letnimi urami za obdobje 3 let. Pričetek financiranja je 1. 10. 2022.

                  - sestava projektne skupine s povezavami na SICRIS

Na Kemijskem inštitutu v projektni skupini sodelujejo:

Na Fakulteti za farmacijo, Univerze v Ljubljani v projektni skupini sodelujejo:

       2. faze projekta in njihova realizacija

Delo na projektu je bilo organizirano v tri delovne pakete (DP).

DP1: Identifikacija in vrednotenje prehodnih konformacijskih stanj aegerolizinov z intrinzično neurejenimi regijami.

Izvedli smo asignacijo kemijskih premikov glavne verige in stranskih verig dveh proteinov: atipičnega aegerolizina, fusver in Nep1-podobnega proteina, NLPPp in z NMR meritvami določili razdalje med protoni in dihedralne kote, ki smo jih uporabili za določitev NMR struktur obeh proteinov. Pri čemer je NLPPp nadomestil protein phiatt, ki ni bil dovolj stabilen, da bi lahko v časovnem okviru projekta izvedli začrtane študije. NLPPp je prav tako sestavljen iz urejenih in neurejenih regij, ki so lahko pomembne za interakcijo z lipidi. NMR strukturi obeh proteinov v tekočini se v funkcijsko pomembnih regijah znatno razlikujeta od napovedanih ali kristalnih struktur. Z določitvijo NMR relaksacijskih parametrov smo v obeh proteinih identificirali konformacijo izmenjavo (prehodna konformacijska stanja). Oba proteina sta odličen primer, ki kaže odločilne vloge dinamičnih študij v raztopini za razumevanje biološke funkcije. Učinkovito AI orodje za napovedovanje statične strukture proteinov, AlphaFold2 je napovedalo, da ima fusver potencial za tvorbo N-terminalne funkcionalno pomembne α-vijačnice, ki naj bi interagirala z membranami. Nasprotno, so naše NMR študije v tekočini pokazale, da v tem intrinzično neurejenem delu s tipično povečano ps-ns dinamiko ni nobene regije z enoto dinamiko na μs-ms časovni lestvici, ki bi nakazovala prehod iz neurejene v prehodno urejeno α strukturo. Pri NLPPp NMR rezultati in simulacije molekularne dinamike (MD) niso pokazali izrazitega povečanja ps-ns dinamike, kar pomeni, da je neurejenost funkcijsko pomembnih regij v NMR strukturi posledica μs-ms konformacije izmenjave in nakazuje, da je konformacijska selekcija osnovi mehanizem vezave lipidov na NLPPp. Zaradi te ugotovitve smo vibracijske eksperimente nadomestili z dodatnimi NMR študijami interakcije različnih lipidov s NLPPp. Zanimivo, preiskani lipidi niso spremenili dinamike konformacije izmenjave, temveč so vplivali na kemijske premike v drugih regijah proteina, ki prej niso bile prepoznane kot pomembne za vezavo.

DP2: Identifikacija in vrednotenje prehodnih konformacijskih stanj MurD v povezavi z vezavo substrata in zaviralca.

V celoti smo asignirali kemijske premike metilnih skupin AILV^proR v MurD in določili ¹³C NMR relaksacijske parametre prostega in vezanih stanj MurD. Uspeli smo določiti tudi ¹⁵N relaksacijske parametre glavne verige proteina v vseh stanjih. Tako smo dosegli dobro pokritost glavne verige proteina in hidrofobnih skupkov za študije dinamičnih procesov po celotnem proteinu. Izvedli smo obsežne simulacije molekularne dinamike (MD) prostega MurD in vezanega stanja s substrati in zaviralci. Z analizami in integracijo eksperimentalnih in računskih rezultatov smo razvili nov nepristranski pristop za karakterizacijo specifičnih dinamičnih mehanizmov iz NMR relaksacijskih parametrov. Z novim pristopom smo pridobili tudi najboljšo napoved konformacijske izmenjave na μs-ms časovni lestvici v primerjavi s pogosto uporabljenimi pristopi, ki smo jo tudi neodvisno izmerili z metodo NMR CPMG-RD. Odkrili smo visoko stopnjo dinamične raznolikosti in prehodna konformacijska stanja v kompleksih Mur s substratom in zaviralcem, kar pojasnjuje prejšnje neuspešne poskuse načrtovanja učinkovitih MurD zaviralcev na osnovi togih kristalografskih struktur in podali smernice za načrtovanje več-tarčnih Mur inhibitorjev. Poleg tega so naši rezultati razkrili novo značilnost MurD, ki kaže na možen alosterični mehanizem v regulaciji aktivnosti MurD. Natančneje, opazili smo kolektivno gibanje na μs-ms časovni lestvici v območjih, ki so oddaljena od vezavnih mest substrata ali zaviralca in so obdana z zankami, ki so občutljive na ps-ns dinamiko. To kaže na prisotnost dinamične mreže v MurD. V letu 2025 so ameriški raziskovalci objavili, da na aktivnost MurD vpliva tudi interakcija z drugimi znotrajceličnimi proteini, ki skupaj z našimi rezultati odpirajo povsem novo perspektivo za načrtovanje učinkovitih zaviralcev Mur. Ta zahteva karakterizacijo dinamičnih mrež v MurD. Učinkovite pristope tekom raziskav vezave zaviralcev Mur, smo skupaj s partnerji na projektu uspešno uporabili pri razvoju novih strukturnih razredov zaviralcev proteina HSP90.

DP3: Identifikacija in vrednotenje prehodnih konformacijskih stanj NGF v povezavi z vezavo majhnih endogenih ligandov.

Z uporabo komplementarnih biofizikalnih eksperimentalnih metod in simulacij MD smo identificirali in na atomskem nivoju opredelili vezavo ATP in divaletnih ionov na NGF in njegov prekurzor proNGF  ter določili vpliv vezave na interakcijo obeh proteinov z receptorji TrkA in p75^NTR. Poleg NMR in vibracijske spektroskopije je bila pri raziskavah vezave ligandov s proNGF pomembna vključitev rentgenskega sipanja pod ozkim kotom (SAXS), ki so ga izvedli naši mednarodni partnerji z Inštituta za kristalografijo (CNR). Pokazali smo, da se ATP veže na intrinzično neurejen propetid proNGF in inducira konformacijsko preureditev celotnega proteina, kar prepreči njegovo pretvorbo v NGF. To nakazuje, da ATP deluje kot alosterični modulator. Zunajcelični ATP se v patoloških pogojih pogosto poveča, zato lahko ta modulacija deluje kot senzor stresa v možganih, ki spremeni ravnovesje proNGF:NGF, povezano s težavami pri  učenju in spominu. V nasprotju s proNGF se ATP na NGF  veže znatno šibkeje in ne vpliva na njegovo celotno konformacijo.

Z NMR in vibracijsko spektroskopijo smo opredeli tudi vezavo dveh najbolj zastopanih lipidov iz družine lizofosatidilserinov v možganih (LizoFS 18:0 in LizoFS 18:1) na NGF. Zaradi slabe topnosti lipidov v vodi, smo jih morali najprej raztopiti v DMSO-d₆ in nato titrirati  v proteinske vzorce v vodnem pufru. Tekom eksperimentov smo ugotovili, da se DMSO specifično veže na NGF, zato smo morali s spektroskopskimi metodami najprej opredeliti to vezavo. Za izbrane sisteme smo določili ¹⁵N relaksacijske parametre. V regijah NGF, ki sodelujejo pri vezavi ligandov in v interakciji z receptorji nismo opazili konformacije izmenjave (prehodnih stanj). Pri raziskavah vpliva vezave lipidov na interakcijo NGF z receptorji TrkA in p75^NTR smo ugotovili, da je vpliv obeh lipidov na interakcijo NGF z receptorji šibek, vpliv samega DMSO na te interakcije pa zanemarljiv.

       3. bibliografske reference, ki izhajajo neposredno iz izvajanja projekta

           Izvirni znanstveni članki:

1. OGRIS, Iza, ZUPANČIČ, Barbara, SOSIČ, Izidor, MERZEL, Franci, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Mechanistic insight into the dynamics of Mur ligase through a comprehensive timescale-specific approach. Communications chemistry. 2025, vol. 8, [article no.] 285. https://www.nature.com/articles/s42004-025-01675-z, DOI: 10.1038/s42004-025-01675-z. [COBISS.SI-ID 250979587]

2. PAOLETTI, Francesca, GORIČAN, Tjaša, CASSETTA, Alberto, GRDADOLNIK, Jože, TOPORASH, Mykola, LAMBA, Doriano, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, COVACEUSZACH, Sonia. Unveiling the solvent effect : DMSO interaction with human nerve growth factor and its implications for drug discovery. Molecules. 2025, vol. 30, iss. 14, [article no.] 3030. https://www.mdpi.com/1420-3049/30/14/3030, DOI: 10.3390/molecules30143030. [COBISS.SI-ID 244001795]

3. VENIANAKIS, Themistoklis, GORIČAN, Tjaša, PAPAMOKOS, Georgios, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, SISKOSA, Michael G., GEROTHANASSIS, Ioannis P. Are the pKₐ values of free fatty acids in aqueous solution abnormally high? An NMR and computational perspective. Chemical communications. 2025, vol. 61, iss. 100, str. 19890-19893. https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2025/cc/d5cc05822h. [COBISS.SI-ID 261330435] 

4. DERNOVŠEK, Jaka, ZAJEC, Živa, POJE, Goran, URBANČIČ, Dunja, GORIČAN, Tjaša, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, MLINARIČ-RAŠČAN, Irena, COTMAN, Andrej Emanuel, ZIDAR, Nace, TOMAŠIČ, Tihomir, et al. Exploration and optimisation of structure-activity relationships of new triazole-based C-terminal Hsp90 inhibitors towards in vivo anticancer potency. Biomedicine & pharmacotherapy.. 2024, vol. 177, [article no.] 16941 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0753332224008254, DOI: 10.1016/j.biopha.2024.116941. [COBISS.SI-ID 199197699]. 

5. ZAJEC, Živa, DERNOVŠEK, Jaka, CINGL, Jernej, OGRIS, Iza, GEDGAUDAS, Marius, ZUBRIENÉ, Asta, MITROVIĆ, Ana, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, GOBEC, Martina, TOMAŠIČ, Tihomir. New class of Hsp90 C-terminal domain inhibitors with anti-tumor properties against triple-negative breast cancer. Journal of medicinal chemistry. [Online ed.]. 2024, vol. 67, no. 15, str. 12984-13018. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.4c00932, DOI: 10.1021/acs.jmedchem.4c00932. [COBISS.SI-ID 203626243]

6. VENIANAKIS, Themistoklis, PARISIS, Nikolaos, CHRISTOU, Atalanti, GOULAS, Vlasios, NIKOLOUDAKIS, Nikolaos, BOTSARIS, George, GORIČAN, Tjaša, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, TZAKOS, Andreas G., GEROTHANASSIS, Ioannis P. Phytochemical analysis and biological evaluation of carob leaf (Ceratonia siliqua L.) crude extracts using NMR and mass spectroscopic techniques. Molecules. 2024, vol. 29, no. 22, [article no.] 5273. https://www.mdpi.com/1420-3049/29/22/5273, DOI: 10.3390/molecules29225273. [COBISS.SI-ID 214778371]

7. PAOLETTI, Francesca, COVACEUSZACH, Sonia, CASSETTA, Alberto, CALABRESE, Antonio N., NOVAK, Urban, KONAREV, Peter, GRDADOLNIK, Jože, LAMBA, Doriano, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Distinct conformational changes occur within the intrinsically unstructured pro-domain of pro-Nerve Growth Factor in the presence of ATP and Mg2+. Protein science. vol. 32, iss. 2, e4563. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/pro.4563 DOI: 10.1002/pro.4563. [COBISS.SI-ID 139671043]

8. DIAMANTIS, Dimitrios A., TSIAILANIS, Antonios D., PAPAEMMANOUIL, Christina, NIKA, Maria-Christina, KANAKI, Zoi, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, BABIČ, Andrej, TZAKOS, Eleftherios Paraskevas, FOURNIER, Isabelle, SALZET, Michel, KUSHWAHA, Prem Prakash, THOMAIDIS, Nikolaos S., RAMPIAS, Theodoros, SHANKAR, Eswar, KARAKURT, Serdar, GUPTA, Sanjay Kumar, TZAKOS, Andreas G. Development of a novel apigenin prodrug programmed for alkaline-phosphatase instructed self-inhibition to combat cancer. Journal of biomolecular structure & dynamics. 2023, str. 1-22, https://www.tandfonline.com/doi/epdf/10.1080/07391102.2023.2247083?needAccess=true&role=buttonDOI: 10.1080/07391102.2023.2247083. [COBISS.SI-ID 163337219]

            Vabljena predavanja: 

1. GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. NMR-assisted development of muramyl ligase inhibitors: toward new antibacterial agents : invited lecture at Round table on “Solution NMR applications in molecular biophysics”, March 27, 2026, Institute of Crystallography-C.N.R., Trieste, Italy. [COBISS.SI-ID 274517251]

2. OGRIS, Iza, ZUPANČIČ, Barbara, MERZEL, Franci, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Mechanistic insights into the dynamics of an antibiotic target revealed by NMR relaxation. V: Mini symposium at establishment of a collaboration between National Institute of Chemistry (NIC) and Institute of Crystallography (IC), CNR : May 7, 2025, Grand lecture hall, National Institute of Chemistry, Ljubljana: Book of abstracts. https://www.ki.si/fileadmin/user_upload/datoteke-splosno/Novice/2022/Book_of_Abstracts.pdf. [COBISS.SI-ID 236087299]

3. GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. NMR-assisted studies of ligand-protein interactions in solution : joint workshop between Istituto di Cristallografia (CNR) and Kemijski inštitut : Integrative structural biology: 21. 6. 2023 [COBISS.SI-ID 157436675]

            Predstavitve na konferencah:

1. OGRIS, Iza, ZUPANČIČ, Barbara, MERZEL, Franci, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Exploring mur ligase dynamics across timescales : implications for mechanism and inhibitor design. V: NMR: a tool for biology: 14th International Conference : May 26-28, 2025 : Paris, France. 2025. Str. 107. https://www.nmr2025.conferences-pasteur.org/images/public/Programme-book-NMR2025.pdf. [COBISS.SI-ID 239584259]
2. GORIČAN, Tjaša, ZUPANČIČ, Barbara, ANDERLUH, Gregor, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Investigation of the structure and dynamics of an atypical aegerolysin. V: NMR: a tool for biology: 14th International Conference : May 26-28, 2025 : Paris, France. 2025. Str. 99. https://www.nmr2025.conferences-pasteur.org/images/public/Programme-book-NMR2025.pdf. [COBISS.SI-ID 239595523]
3. GORIČAN, Tjaša, DERNOVŠEK, Jaka, OGRIS, Iza, ZAJEC, Živa, TOMAŠIČ, Tihomir, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. The binding of new structural classes of C-terminal inhibitors to P20 human Hsp90 studied by ligand-based NMR methods. V: ANDERLUH, Gregor (ur.), CRNKOVIĆ, Ana (ur.). 3rd MOSBRI Scientific Conference : 10th - 13th June 2024, Ljubljana, Slovenia : programme & abstracts. Str.129. https://www.mosbri.eu/events/conferences/ljubljana-2024/programme-ljubljana/. [COBISS.SI-ID 199722499]
4. PAOLETTI, Francesca, MERZEL, Franci, COVACEUSZACH, Sonia, CASSETTA, Alberto, CALABRESE, Antonio N., OGRIS, Iza, NOVAK, Urban, GRDADOLNIK, Jože, LAMBA, Doriano, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Differential interactions between ATP and NGF/proNGF revealed P32 ATP as modulator of Neurotrophins biological activity. V: ANDERLUH, Gregor (ur.), CRNKOVIĆ, Ana (ur.). 3rd MOSBRI Scientific Conference : 10th - 13th June 2024, Ljubljana, Slovenia : programme & abstracts. Str. 141. https://www.mosbri.eu/events/conferences/ljubljana-2024/programme-ljubljana/. [COBISS.SI-ID 199723779]
5. OGRIS, Iza, ZUPANČIČ, Barbara, HERLAH, Barbara, PERDIH, Andrej, MERZEL, Franci, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Exploring the impact of MurD conformational dynamics on ligand P21 binding with NMR and MD simulations. V: ANDERLUH, Gregor (ur.), CRNKOVIĆ, Ana (ur.). 3rd MOSBRI Scientific Conference : 10th - 13th June 2024, Ljubljana, Slovenia : programme & abstracts. Ljubljana: National Institute of Chemistry, 2024. Str. 130. https://www.mosbri.eu/events/conferences/ljubljana-2024/programme-ljubljana/. [COBISS.SI-ID 199722755]
6. GORIČAN, Tjaša, DERNOVŠEK, Jaka, OGRIS, Iza, ZAJEC, Živa, TOMAŠIČ, Tihomir, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Interactions between new structural classes of C-terminal inhibitors and human Hsp90 investigated by ligand-based NMR methods. V: AILM2024 : Advanced Isotope Labelling Methods for Integrated Structural Biology : May 28-31, Grenoble, France. 2024. Str. 65. https://www.ailm2024.org/. [COBISS.SI-ID 200680451]
7. DERNOVŠEK, Jaka, GORIČAN, Tjaša, ZAJEC, Živa, TRUNKELJ, Natalija, ZIDAR, Nace, ILAŠ, Janez, URBANČIČ, Dunja, ZUBRIENÉ, Asta, MATULIS, Daumantas, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, TOMAŠIČ, Tihomir. New N- and C-terminal Hsp90 inhibitors with anticancer activity and without heat shock response induction. V: Book of abstracts : 4th Alpine Winter Conference on Medicinal and Synthetic Chemistry, St. Anton, Austria, January 28-February 1, 2024. Str. 99, p013, https://www.alpinewinterconference.org/auth.php?langue=english&cle_menus=1049119092&ant_file_redirect=content.php%3Flangue%3Denglish%26amp%3Bcle_menus%3D1238918051. [COBISS.SI-ID 199446531]
8. DERNOVŠEK, Jaka, ZAJEC, Živa, URBANČIČ, Dunja, STURTZEL, Caterina, GORIČAN, Tjaša, CINGL, Jernej, GRISSENBERGER, Sarah, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, ZIDAR, Nace, DISTEL, Martin, TOMAŠIČ, Tihomir, et al. Development of allosteric Hsp90 inhibitors for the treatment of Ewing sarcoma. V: Book of abstracts : EFMC ISMC : International Symposium on Medicinal Chemistry, Rome, Italy, September 1-5, 2024. Str. 519, p645. https://www.efmc-ismc.org/v2/data/1725266112EFMC-ISMC-2024-BoA-web-FINAL.pdf. [COBISS.SI-ID 206896643]
9. DERNOVŠEK, Jaka, ZAJEC, Živa, URBANČIČ, Dunja, STURTZEL, Caterina, GORIČAN, Tjaša, CINGL, Jernej, GRISSENBERGER, Sarah, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, ZIDAR, Nace, DISTEL, Martin. Development of Hsp90 C-terminal domain inhibitors for the treatment of Ewing sarcoma. V: Molecular chaperones in cancer and protein quality control : CNIO – CaixaResearch Frontiers Meeting : Madrid, 10th – 12th June, 2024. CNIO – CaixaResearch Frontiers Meeting eMadrid, 10th – 12th June, 2024. Str. 133. https://apps.cnio.es/eventos/descargas/CFM/1306333_1750,32_booklet.pdf. [COBISS.SI-ID 209870595]
10. DERNOVŠEK, Jaka, ZIDAR, Nace, ZAJEC, Živa, GORIČAN, Tjaša, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, STURTZEL, Caterina, GRISSENBERGER, Sarah, DISTEL, Martin, COTMAN, Andrej Emanuel, TOMAŠIČ, Tihomir. Triazolni C-končni zaviralci Hsp90 : od β-CF [sub] 3 benzilnih alkoholov do serije zaviralcev s protitumornim delovanjem. V: PINTAR, Albin (ur.). Slovenski kemijski dnevi 2024 : zbornik povzetkov = book of abstracts : 30 let = 30 years : 18.-20. september 2024, Bernardin, Portorož. Elektronska izd. Ljubljana: Slovensko kemijsko društvo, 2024. Str. 74. https://skd2024.chem-soc.si/wp-content/uploads/2024/08/SKD-2024-Zbornik-povzetkov_compressed.pdf. [COBISS.SI-ID 210715907]
11. PAOLETTI, Francesca, MERZEL, Franci, COVACEUSZACH, Sonia, CASSETTA, Alberto, CALABRESE, Antonio N., OGRIS, Iza, NOVAK, Urban, KONAREV, Peter, GRDADOLNIK, Jože, LAMBA, Doriano, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Differential interactions between ATP and NGF / proNGF: chance or necessity? V: 62° congress SIB : 7-9 September [2023], Firenze : abstract book. Str. 42. https://www.congressosib2023.it/wp-content/uploads/2023/09/Abstract-Book_CongressoSIB-2023.pdf, https://www.congressosib2023.it/abstract-book/. [COBISS.SI-ID 176813315]
12. ŽIBRAT, Nika, PODOBNIK, Marjetka, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, ANDERLUH, Gregor. Phytophthora parasitica NLP shares three-dimensional fold and pore-forming activity of model Nep1-like protein, NLPPya. V: SEPČIĆ, Kristina (ur.), PAVŠIČ, Miha (ur.). 15th Meeting of the Slovenian Biochemical Society with International Participation = 15. srečanje Slovenskega biokemijskega društva z mednarodno udeležbo: book of abstracts = zbornik povzetkov : Portorož, 20-23 September 2023 = [20.–23. september 2023, Portorož, Slovenija]. Ljubljana: Slovenian Biochemical Society: = Slovensko biokemijsko društvo, 2023. Str. 171. https://portoroz2023.sbd.si/upload/docs/SBD2023_Portoroz-Book_of_Abstracts.pdf. [COBISS.SI-ID 170124035]
13. HERLAH, Barbara, OGRIS, Iza, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, SOSIČ, Izidor, GOBEC, Stanislav, PERDIH, Andrej. Simulation-based optimization of 4,6-substituted-1,3,5-triazin-2(1H)-ones as catalytic inhibitors of the human DNA Topoisomerase IIΑ. V: Abstracts book : Lisbon 2023, at the edge of Europe and Science. [S. l.]: [s. n.], 2023. Str. 88. https://annualmeeting.eufeps.org/programme.html. [COBISS.SI-ID 156434691].
14. DERNOVŠEK, Jaka, GORIČAN, Tjaša, ZAJEC, Živa, ZIDAR, Nace, ILAŠ, Janez, URBANČIČ, Dunja, ZUBRIENÉ, Asta, MATULIS, Daumantas, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, TOMAŠIČ, Tihomir. Development of new HSP90β-selective inhibitors based on topoisomerase II ligands. V: JAKOPIN, Žiga (ur.), TOMAŠIČ, Tihomir (ur.). Crossing the Boundaries of Medicinal Chemistry: book of abstracts: University of Ljubljana, Faculty of Pharmacy, September 28, 2023. Ljubljana: Fakulteta za farmacijo, 2023. Str. 21 https://www.ffa.uni-lj.si/docs/default-source/e-knjige/book-of-abstracts---crossing-the-boundaries-of-medicinal-chemistry.pdf?sfvrsn=2. [COBISS.SI-ID 173421059]
15. HERLAH, Barbara, OGRIS, Iza, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, GOBEC, Stanislav, SOSIČ, Izidor, PERDIH, Andrej. Structure-based optimization of 4,6-substituted-1,3,5-triazin2(1H)-ones as catalytic inhibitors of human DNA topoisomerase IIα. V: PINTAR, Albin (ur.). Slovenski kemijski dnevi 2023 = 29th Annual Meeting of the Slovenian Chemical Society: zbornik povzetkov = book of abstracts: 13.-15. september 2023, Portorož, Portorose, Slovenija. Ljubljana: Slovensko kemijsko društvo, 2023. Str. 118. https://www.conftool.org/scs-annual-meeting-2023/index.php?page=browseSessions&form_session=47#paperID119, https://www.conftool.org/scs-annual-meeting-2023/index.php/Herlah-Structure-based_optimization_of_4%2C6-substituted-1%2C3%2C5-triazin-2-119.pdf?page=downloadPaper&filename=Herlah-Structure-based_optimization_of_4%2C6-substituted-1%2C3%2C5-triazin-2-119.pdf&form_id=119. [COBISS.SI-ID 167932931]